一、双方协商处理
- 明确权益份额：如果在婚姻关系存续期间，夫妻双方就共同注册的公司进行过协商，并达成了明确的书面约定，那么在离婚时，可以按照这些约定进行分配。
- 重新协商分配：双方可以重新就公司的股权、经营权、财产权等进行协商，以达成公平合理的分配方案。例如可以重新分割股份，双方继续经营该公司；也可以经双方同意，一方将其享有的股份转让给第三人，取得转让收益，另一方继续持有公司股份等方式。
二、根据公司性质和股份情况处理
- 仅夫妻二人的公司
- 重新分割股份：双方可以请求重新分割股份，然后继续经营该公司。
- 转让股份给第三人：经双方同意，一方将其享有的股份转让给第三人，取得转让收益，另一方继续持有公司股份。
- 解散清算：如果双方既不能继续共同经营该公司，也不能协商一致将一方股份转让给第三人，或因无第三人愿意受让而转让不能，则依相关规定对公司进行解散清算，双方可对清算后的剩余财产依法进行分割。
- 涉及有限责任公司出资额转让
- 其他股东过半数同意转让给配偶：夫妻双方协商一致将出资额部分或者全部转让给该股东的配偶，其他股东过半数同意，并且其他股东均明确表示放弃优先购买权的，该股东的配偶可以成为该公司股东。
- 其他股东半数以上不同意转让但愿意购买：夫妻双方就出资额转让份额和转让价格等事项协商一致后，其他股东半数以上不同意转让，但愿意以同等条件购买该出资额的，人民法院可以对转让出资所得财产进行分割。
三、一方主张经营企业的情况
- 对企业资产进行评估后，由取得企业一方给予另一方相应的补偿。
四、双方均主张经营企业的情况
- 在双方竞价基础上，由取得企业的一方给予另一方相应的补偿。
五、双方均不愿意经营企业的情况
- 按照《中华人民共和国个人独资企业法》等有关规定办理。
六、寻求法律帮助
- 由于法律问题具有较强的专业性，如果双方无法自行协商处理好公司相关事宜，建议一对一咨询专业律师，或者向法院提起诉讼，由法院根据具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则做出判决。
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